ویروس SARS-CoV2 | کروناویروس | سندرم حاد تنفسی کرونا ویروس 2 | بیماری کووید 19 | Covid 19 disease

ویروس SARS-CoV2 یا سندرم حاد تنفسی کروناویروس 2 یک کروناویروس جدید است که مسئول شیوع بیماری کروناویروس 2019 (COVID-19) است. اولین بار در دسامبر 2019 در ووهان چین شناسایی شد و از آن زمان به یک بیماری همه گیر جهانی تبدیل شده است. ویروس عمدتاً از طریق قطرات تنفسی زمانی که فرد مبتلا سرفه، عطسه، صحبت یا نفس می‌کشد، پخش می‌شود. همچنین می تواند با دست زدن به سطوح آلوده به ویروس و سپس لمس صورت گسترش یابد.

علائم بیماری  COVID-19 می تواند از خفیف تا شدید متفاوت باشد و ممکن است شامل تب، سرفه، تنگی نفس، خستگی، دردهای عضلانی یا بدن، از دست دادن چشایی یا بویایی، گلودرد، احتقان، سردرد و مشکلات گوارشی باشد. موارد شدید می تواند منجر به ذات الریه، سندرم دیسترس تنفسی حاد (ARDS) و در برخی موارد مرگ شود.

برای جلوگیری از انتشار COVID-19، اقدامات بهداشت عمومی مانند پوشیدن ماسک، رعایت فاصله فیزیکی، شستن مکرر دست‌ها، استفاده از ضدعفونی‌کننده دست، اجتناب از تجمعات بزرگ و پیروی از دستورالعمل‌های بهداشتی محلی ضروری است.

واکسن‌هایی برای استفاده اضطراری در بسیاری از کشورها تولید و مجاز شده‌اند که محافظت در برابر بیماری‌های شدید و کاهش انتقال ویروس را ارائه می‌کنند.

اطلاع‌رسانی از طریق منابع معتبر مانند سازمان جهانی بهداشت (WHO) یا مراکز کنترل و پیشگیری از بیماری‌ها (CDC) برای درک آخرین پیشرفت‌ها و دستورالعمل‌های مرتبط با COVID-19 بسیار مهم است.

چرا آزمایش ویروس ویروس SARS-CoV2 درخواست می شود؟

چه زمانی و در صورت داشتن چه علائمی آزمایش ویروس SARS-CoV2 بایستی انجام شود؟

علائم COVID-19، که توسط ویروس SARS-CoV2 ایجاد می‌شود، می‌تواند بسیار متفاوت باشد و ممکن است با سایر بیماری‌های تنفسی همپوشانی داشته باشد. علائم COVID-19 می تواند از خفیف تا شدید متغیر باشد و معمولاً 2 تا 14 روز پس از قرار گرفتن در معرض ویروس ظاهر می شود. علائم رایج عبارتند از:

• تب یا لرز
• سرفه
• تنگی نفس یا مشکل در تنفس
• خستگی
• دردهای عضلانی یا بدن
• سردرد
• گلودرد
• از دست دادن چشایی یا بویایی (آنوسمی)
• گرفتگی یا آبریزش بینی
• حالت تهوع یا استفراغ
• اسهال

توجه به این نکته مهم است که برخی از افراد آلوده به ویروس SARS-CoV2 ممکن است بدون علامت باشند، به این معنی که هیچ علامتی از خود نشان نمی دهند اما همچنان می توانند ویروس را به دیگران منتقل کنند.

نمونه های مورد نیاز برای آزمایش ویروس SARS-CoV2:

برای آزمایش ویروس SARS-CoV2، ارائه دهندگان مراقبت های بهداشتی معمولاً نمونه های تنفسی را برای تشخیص وجود ویروس جمع آوری می کنند. رایج‌ترین نمونه‌های مورد استفاده برای آزمایش COVID-19 عبارتند از:

• سواب نازوفارنکس: یک سواب بلند و انعطاف پذیر از طریق سوراخ بینی به پشت بینی وارد می شود، جایی که به نازوفارنکس می رسد. سپس سواب برای جمع آوری نمونه چرخانده می شود که بعداً برای ویروس آزمایش می شود.

• سواب اوروفارنکس: مشابه سواب نازوفارنکس، سواب اوروفارنکس شامل استفاده از سواب برای جمع آوری نمونه از پشت گلو است. این یک جایگزین برای سواب نازوفارنکس است.

• سواب قدامی بینی (Nasal Mid-Turbinate Swab): این نوع سواب نمونه ای را از قسمت تحتانی حفره بینی جمع آوری می کند. نسبت به سواب نازوفارنکس تهاجمی کمتری دارد و ممکن است برای فرد مورد آزمایش راحت تر باشد.

• نمونه بزاق: برخی از مراکز آزمایش نمونه بزاق را برای آزمایش ویروس SARS-CoV2 می پذیرند. از فردی خواسته می شود که برای تهیه نمونه بزاق داخل یک ظرف استریل تف کند.

• نمونه خلط: برای بیماران مبتلا به سرفه های تولیدی، ممکن است نمونه خلط جمع آوری شود و برای آزمایش استفاده شود.
• مایع لاواژ برونکوآلوئولار (BAL): این شامل شستن یا شستشوی ریه ها و راه های هوایی برای به دست آوردن مایعات و اجزای سلولی از دستگاه تنفسی تحتانی است. این روش معمولاً توسط یک متخصص مراقبت های بهداشتی آموزش دیده مانند یک متخصص ریه انجام می شود و برای بررسی شرایط مختلف مرتبط با ریه از جمله عفونت ها، التهاب ها و بیماری های بینابینی ریه استفاده می شود.

• نمونه سرم: نمونه سرم برای بررسی وجود آنتی بادی در بیمار دریافت می شود.
  

  لوله و ظروف های مورد نظر برای جمع آوری نمونه های آزمایش ویروس SARS-CoV-2

توجه به این نکته مهم است که نوع خاص روش جمع‌آوری نمونه ممکن است بسته به امکانات آزمایش، در دسترس بودن منابع آزمایش SARS-CoV2 و وضعیت بیمار متفاوت باشد.

شاید این مطلب برای شما مفید باشد:

روش های مختلف جمع آوری نمونه های آزمایشگاه

بروزرسانی شده در17 آبان 1402 | توسط دکتر فرزاد باباخانی

شاید این مطلب برای شما مفید باشد:

لوله های آزمایش و ضد انعقادها (Test tubes and Anticoagulants)

بروزرسانی شده در17 آبان 1402 | توسط دکتر فرزاد باباخانی

شاید این مطلب برای شما مفید باشد:

ذخیره سازی نمونه های آزمایشگاهی

بروزرسانی شده در17 آبان 1402 | توسط دکتر فرزاد باباخانی

آمادگی قبل از انجام آزمایش ویروس SARS-CoV2:

به آمادگی خاصی نیاز ندارد

روش های مختلف آزمایشگاهی برای شناسایی ویروس SARS-CoV2:

روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز رونویسی معکوس (RT-PCR):

آزمایشات مولکولی برای تشخیص مستقیم وجود ماده ژنتیکی ویروس SARS-CoV2 (RNA) در نمونه های تنفسی استفاده می شود. این آزمایش‌ها رایج‌ترین و قابل اعتمادترین روش برای تشخیص عفونت‌های فعال COVID-19 هستند. آزمایش مولکولی اولیه مورد استفاده برای تشخیص SARS-CoV2، واکنش زنجیره‌ای پلیمراز رونویسی معکوس (RT-PCR) است. در اینجا شرح مفصلی از روش RT-PCR آورده شده است:

• مجموعه نمونه: اولین گام در فرآیند RT-PCR جمع آوری نمونه تنفسی از فرد مشکوک به COVID-19 است. رایج‌ترین نمونه‌ها سواب‌های نازوفارنکس (از پشت بینی) و سواب‌های اوروفارنکس (از پشت گلو) هستند. انواع دیگر نمونه مانند خلط یا بزاق نیز ممکن است مورد استفاده قرار گیرد.
• استخراج RNA: پس از جمع آوری نمونه، مرحله بعدی استخراج RNA ویروس از نمونه است. این مرحله برای جداسازی و خالص سازی ماده ژنتیکی ویروسی از سایر اجزای موجود در نمونه ضروری است.
• رونویسی معکوس: SARS-CoV2 یک ویروس RNA دار است، اما PCR به DNA به عنوان یک الگوی اولیه نیاز دارد. بنابراین، قبل از اینکه تکثیر PCR انجام شود، RNA ویروسی استخراج شده به صورت معکوس به DNA مکمل (cDNA) رونویسی می شود. این فرآیند رونویسی معکوس نامیده می شود و با استفاده از آنزیمی به نام رونویسی معکوس به دست می آید.
•  طراحی پرایمر: PCR به پرایمرهای خاصی نیاز دارد که مکمل نواحی ژنوم SARS-CoV2 باشند. این پرایمرها توالی های DNA مصنوعی کوتاه و مصنوعی هستند که ناحیه هدف RNA ویروسی را در کنار هم قرار می دهند. آنها به عنوان نقطه شروع DNA پلیمراز در طول تقویت عمل می کنند.
• تقویت PCR: قطعات cDNA بدست آمده از رونویسی معکوس با مخلوط واکنش PCR، حاوی پرایمرهای DNA، DNA پلیمراز، نوکلئوتیدها و سایر اجزای واکنش مخلوط می شود. این مخلوط در یک دستگاه سیکلر حرارتی تحت یک سری چرخه دمایی قرار می گیرد.

1. دناتوراسیون: واکنش با دناتوراسیون در دمای بالا (معمولاً حدود 95 درجه سانتیگراد) شروع می شود که DNA دو رشته ای را به رشته های منفرد جدا می کند.
2. بازپخت: سپس دما کاهش می‌یابد تا پرایمرهای DNA به دنباله‌های هدف مکمل خود در قالب RNA ویروسی متصل شوند. به این مرحله آنیلینگ می گویند.
3. گسترش: دما کمی افزایش می یابد و DNA پلیمراز با افزودن نوکلئوتیدهای مکمل به الگوی RNA پرایمرها را گسترش می دهد. این منجر به سنتز رشته های DNA جدید از الگوی RNA ویروسی می شود.

• تکرار چرخه PCR: مراحل دناتوراسیون، بازپخت و گسترش برای چندین سیکل، معمولاً 30 تا 40 سیکل تکرار می شوند. هر چرخه مقدار DNA در نمونه را دو برابر می کند و منجر به تقویت نمایی DNA ویروسی هدف می شود.
•  تشخیص: در طول فرآیند PCR، یک رنگ فلورسنت یا یک پروبی که فلورسانس منتشر می کند در مخلوط واکنش گنجانده می شود. همانطور که DNA ویروسی تقویت می شود، فلورسانس نیز افزایش می یابد. سیکلر حرارتی فلورسانس را پس از هر چرخه اندازه گیری می کند و یک نتیجه مثبت با افزایش قابل توجه فلورسانس بالاتر از یک سطح آستانه مشخص نشان داده می شود.
• تفسیر: نتایج PCR با استفاده از نرم افزار تخصصی که داده های فلورسانس را تفسیر می کند و تعیین می کند که آیا ماده ژنتیکی ویروسی در نمونه وجود دارد، تجزیه و تحلیل می شود. اگر RNA ویروسی شناسایی شود، فرد برای SARS-CoV2 مثبت در نظر گرفته می شود.

شناسایی ویروس SARS-CoV2 با روش واکنش زنجیره‌ای پلیمراز رونویسی معکوس (RT-PCR)

RT-PCR به دلیل حساسیت و ویژگی بالا شناخته شده است، و آن را به روشی قابل اعتماد برای تشخیص عفونت SARS-CoV2 تبدیل می کند. پیروی از پروتکل های استاندارد و اقدامات کنترل کیفیت برای اطمینان از نتایج دقیق در آزمایش COVID-19 ضروری است. در دسترس بودن و کارایی آزمایش نقش مهمی در نظارت، مدیریت و کنترل بیماری دارد.

از کدام نواحی ژنوم ویروس SARS-CoV2 برای طراحی پرایمر استفاده می شود؟

طراحی پرایمر برای تشخیص SARS-CoV2 از طریق روش‌های مولکولی مانند RT-PCR معمولاً مناطق خاصی از ژنوم ویروس را هدف قرار می‌دهد که برای تکثیر یا بیان آن حفظ شده و حیاتی هستند. این مناطق برای اطمینان از تشخیص دقیق و قابل اعتماد در میان سویه های مختلف ویروسی انتخاب شده اند. یکی از رایج‌ترین مناطق مورد هدف برای طراحی پرایمر، ژن نوکلئوکپسید ویروسی (N) است که پروتئین نوکلئوکپسید را کد می‌کند که در بین کروناویروس‌ها بسیار حفاظت شده است.

سایر نواحی که معمولاً مورد هدف قرار می گیرند شامل ژن RNA پلیمراز وابسته به RNA (RdRp) و ژن انولوپ (E) است. این مناطق نیز نسبتاً حفاظت شده و برای طراحی پرایمر مناسب هستند. ژن RdRp یک آنزیم ضروری درگیر در تکثیر ویروسی را کد می کند، در حالی که ژن E پروتئین پوششی را کد می کند.

علاوه بر این، برخی از سنجش‌ها ممکن است ژن اسپایک (S) را هدف قرار دهند که پروتئین اسپایک مسئول ورود ویروس به سلول‌های میزبان را کد می‌کند. ژن S به دلیل جهش‌ها و انواع مختلف ویروس دارای تغییراتی است، اما می‌توان نواحی درون ژن را برای طراحی پرایمر انتخاب کرد که حفاظت بیشتری دارند.

انتخاب ناحیه خاص برای طراحی پرایمر می تواند بسته به هدف مورد نظر سنجش و الگوهای جهش ویروس در مناطق مختلف جهان متفاوت باشد. سازمان جهانی بهداشت (WHO) و سایر مقامات بهداشتی راهنمایی در مورد انتخاب مناطق مناسب برای طراحی پرایمر برای اطمینان از تشخیص دقیق و قابل اعتماد SARS-CoV2 ارائه می دهند. علاوه بر این، با ظهور انواع جدید، ممکن است لازم باشد طرح‌های پرایمر به‌روزرسانی شود تا حساسیت و ویژگی در تشخیص ویروس حفظ شود.

شناسایی آنتی ژن های ویروس SARS-CoV-2:

این روش برای شناسایی پروتئین های ویروسی خاص (آنتی ژن ها) روی سطح ویروس SARS-CoV2 استفاده می شود. این آزمایش‌ها روشی سریع و راحت برای تشخیص عفونت‌های فعال COVID-19 هستند. آنها می توانند نتایج را در عرض چند دقیقه ارائه دهند و به ویژه برای اهداف غربالگری و نظارت سریع مفید هستند. در اینجا شرح مفصلی از روش آزمایش آنتی ژن آورده شده است:

• مجموعه نمونه: اولین گام در فرآیند آزمایش آنتی ژن، جمع آوری نمونه تنفسی از فرد مشکوک به COVID-19 است. رایج‌ترین نمونه‌ها سواب‌های نازوفارنکس (از پشت بینی) و سواب‌های اوروفارنکس (از پشت گلو) هستند. انواع نمونه های دیگر مانند سواب بینی نیز ممکن است استفاده شود.
• آماده سازی نمونه: پس از جمع آوری نمونه، برای استخراج و جداسازی آنتی ژن های ویروسی از سایر اجزای نمونه، پردازش می شود. روش دقیق آماده سازی بسته به کیت آزمایش آنتی ژن خاصی که استفاده می شود می تواند متفاوت باشد.
• واکنش آنتی ژن-آنتی بادی: نمونه استخراج شده با محلولی حاوی آنتی بادی های خاص که برای اتصال خاص به آنتی ژن های ویروسی SARS-CoV2 طراحی شده است، مخلوط می شود. این آنتی بادی ها معمولاً با یک نشانگر مانند ذرات رنگی یا مولکول های فلورسنت نشاندار می شوند.
• ایمونواسی جریان جانبی: آزمایش های آنتی ژن معمولاً با استفاده از روشی به نام ایمونواسی جریان جانبی انجام می شود. در این روش نمونه مخلوط شده با محلول آنتی بادی روی نوار تست یا کارتریج اعمال می شود. نوار شامل چندین بخش است، از جمله:

1. Sample Pad: ناحیه ای که نمونه جمع آوری شده در آن اعمال می شود.
2.  پد مزدوج: حاوی آنتی بادی های نشاندار شده ای است که با آنتی ژن های ویروسی واکنش نشان می دهند.
3. خط تست (T Line): این بخش حاوی آنتی بادی های بی حرکت است که مخصوص آنتی ژن های ویروسی است. اگر آنتی‌ژن‌های ویروسی در نمونه وجود داشته باشند، به آنتی‌بادی‌های نشان‌دار در پد مزدوج متصل می‌شوند و تا رسیدن به خط آزمایش در امتداد نوار آزمایش مهاجرت می‌کنند.
4. خط کنترل (خط C): این بخش حاوی آنتی‌بادی‌های بی‌حرکتی است که با هر گونه آنتی‌بادی برچسب‌دار اضافی واکنش نشان می‌دهند و به عنوان کنترلی برای تأیید عملکرد صحیح آزمایش عمل می‌کنند.

• تفسیر نتایج: همانطور که نمونه در امتداد نوار تست حرکت می کند، اگر آنتی ژن SARS-CoV2 در نمونه وجود داشته باشد، آنتی بادی های نشاندار شده و هر آنتی ژن ویروسی که به آن متصل شده اند به خط آزمایش (T Line) می رسند. خط تست قابل مشاهده خواهد شد که نشان دهنده یک نتیجه مثبت است. یک خط کنترل (C Line) نیز برای نشان دادن معتبر بودن آزمون قابل مشاهده خواهد بود.
• تفسیر نتایج:

1. نتیجه مثبت: اگر هر دو خط آزمایش (T Line) و خط کنترل (C Line) ظاهر شوند، آزمایش برای آنتی ژن SARS-CoV-2 مثبت است که نشان دهنده عفونت فعال است.
2.  نتیجه منفی: اگر فقط خط کنترل (C Line) ظاهر شود و خط آزمایش (T Line) ظاهر نشود، آزمایش منفی است که نشان می دهد آنتی ژن SARS-CoV-2 در نمونه شناسایی نشده است.
   نتیجه نامعتبر: اگر خط کنترل (C Line) ظاهر نشود، آزمایش نامعتبر است و آزمایش باید تکرار شود.

ایمونواسی جریان جانبی برای شناسایی ویروس SARS-CoV 2

آزمایش‌های آنتی ژن برای غربالگری سریع، به ویژه در مکان‌هایی که نتایج سریع برای تصمیم‌گیری فوری ضروری است، مانند کلینیک‌ها، مدارس، محل‌های کار و کمپین‌های آزمایش انبوه بسیار مهم هستند. با این حال، درک این نکته ضروری است که در حالی که تست های آنتی ژن سریع هستند، ممکن است حساسیت کمی کمتری نسبت به تست های مولکولی مانند RT-PCR داشته باشند. اگر آزمایش آنتی ژن نتیجه منفی داد اما هنوز مشکوک به کووید-19 است، آزمایش تاییدی با آزمایش مولکولی برای رد دقیق عفونت توصیه می شود.

روش سنجش ایمونوسوربنت مرتبط با آنزیم (ELISA):

ELISA یک روش پرکاربرد برای تشخیص و تعیین کمیت آنتی بادی ها، آنتی ژن ها، پروتئین ها و سایر مولکول های زیستی در یک نمونه است. در زمینه تشخیص آنتی بادی ویروس SARS-CoV2، روش الایزا نقش مهمی در تشخیص عفونت‌های گذشته یا ارزیابی پاسخ‌های ایمنی ناشی از واکسن دارد. در اینجا شرح مفصلی از روش الایزا برای تشخیص آنتی بادی های ویروس SARS-CoV2 آورده شده است:

• جمع آوری نمونه: اولین قدم جمع آوری نمونه خون (سرم) از افرادی است که مشکوک به قرار گرفتن در معرض ویروس SARS-CoV2 هستند. این نمونه ها در صورت وجود آنتی بادی در نتیجه پاسخ ایمنی در برابر ویروس هستند.
• تهیه صفحات پوشش داده شده با آنتی ژن: الایزا شامل تثبیت آنتی ژن های ویروسی بر روی یک سطح جامد، معمولاً چاهک های یک صفحه میکروتیتر است. برای تشخیص آنتی بادی SARS-CoV2، آنتی ژن های مورد استفاده مخصوص ویروس هستند، اغلب پروتئین اسپایک یا پروتئین نوکلئوکپسید. این آنتی ژن ها روی چاهک های صفحه ELISA پوشانده می شوند و سپس انکوبه می شوند تا آنتی ژن ها به سطح متصل شوند.
• مرحله مسدود کردن: پس از پوشش آنتی ژن ها، چاهک ها با یک پروتئین غیر واکنشی مانند آلبومین سرم گاوی (BSA) یا پروتئین های شیر مسدود می شوند. این مرحله از اتصال غیر اختصاصی آنتی بادی ها به سطح صفحه جلوگیری می کند و صدای پس زمینه را کاهش می دهد.
• انکوباسیون نمونه: نمونه های خون جمع آوری شده به چاهک های پوشش داده شده با آنتی ژن اضافه می شوند و اجازه می دهند انکوبه شوند. اگر نمونه حاوی آنتی‌بادی‌هایی علیه SARS-CoV2 باشد، آن‌ها به طور خاص به آنتی‌ژن‌های ویروسی تثبیت‌شده روی صفحه متصل می‌شوند.
• شستشو: پس از انکوباسیون نمونه، چاهک ها شسته می شوند تا هر گونه اجزای متصل نشده از جمله پروتئین ها یا آنتی بادی های غیر اختصاصی متصل شوند.
• افزودن آنتی بادی ثانویه: یک آنتی بادی ثانویه که مخصوص ایمونوگلوبولین های انسانی است (به عنوان مثال آنتی بادی های ضد IgG، IgM یا IgA انسانی)، به هر چاهک اضافه می شود. این آنتی بادی ثانویه معمولاً به آنزیمی مانند پراکسیداز ترب کوهی (HRP) یا آلکالین فسفاتاز مرتبط است که امکان تشخیص آنتی بادی های متصل را فراهم می کند.
• انکوباسیون و شستشوی دوم: آنتی بادی ثانویه به هر آنتی بادی انسانی که به طور خاص به آنتی ژن های ویروسی موجود در صفحه متصل است، متصل می شود. پس از انکوباسیون، چاهک ها دوباره شسته می شوند تا هر گونه آنتی بادی ثانویه غیرمجاز حذف شود.
• افزودن سوبسترای آنزیمی: یک سوبسترا مخصوص آنزیم مرتبط با آنتی بادی ثانویه (به عنوان مثال، بستر کروموژنیک برای HRP یا سوبسترای فسفاتاز برای آلکالین فسفاتاز) به چاهک ها اضافه می شود. هنگامی که آنتی بادی ثانویه مرتبط با آنزیم به یک آنتی بادی انسانی متصل می شود، واکنشی را کاتالیز می کند که سیگنال قابل تشخیصی، معمولاً تغییر رنگ، تولید می کند.
• تشخیص سیگنال و تعیین کمیت: رنگ توسعه یافته یا شدت سیگنال با استفاده از یک اسپکتروفتومتر یا سایر ابزارهای تشخیص اندازه گیری می شود. شدت سیگنال به طور مستقیم با مقدار آنتی بادی های اختصاصی SARS-CoV2 موجود در نمونه متناسب است.
• تجزیه و تحلیل داده ها: مقادیر جذب یا چگالی نوری (OD) به دست آمده از ELISA با یک منحنی استاندارد یا نمونه های کنترل مرجع با غلظت آنتی بادی شناخته شده مقایسه می شوند. این امکان تعیین کمیت آنتی بادی های SARS-CoV2 در نمونه بیمار را فراهم می کند.

الایزا روشی حساس و اختصاصی برای تشخیص آنتی بادی‌های SARS-CoV2 است و به طور گسترده در آزمایش‌های سرولوژیکی عفونت‌های COVID-19 و ارزیابی پاسخ واکسن استفاده می‌شود. رعایت دقیق رویه های عملیاتی استاندارد و اقدامات کنترل کیفیت برای اطمینان از نتایج دقیق و قابل اعتماد ضروری است. علاوه بر این، انواع روش الایزا، مانند الایزای غیرمستقیم، ساندویچ یا رقابتی، ممکن است بسته به طراحی و اهداف سنجش خاص مورد استفاده قرار گیرد.

روش توالی یابی کل ژنوم (WGS):

یک تکنیک قدرتمند است که برای تعیین توالی ژنتیکی کامل ویروس SARS-CoV2 استفاده می شود. این یک تجزیه و تحلیل دقیق از ساختار ژنتیکی ویروس، از جمله تمام ژن‌های آن و تغییرات آنها ارائه می‌کند. WGS برای مطالعه تکامل ویروسی، نظارت بر ظهور انواع جدید، درک الگوهای انتقال، و ارزیابی اثربخشی تشخیص، درمان و واکسن ضروری است. در اینجا شرح مفصلی از روش توالی‌یابی کل ژنوم برای شناسایی ویروس SARS-CoV2 آمده است:

• مجموعه نمونه: اولین گام در فرآیند توالی یابی کل ژنوم، جمع آوری نمونه تنفسی از فرد آلوده به SARS-CoV2 است. رایج ترین انواع نمونه عبارتند از: سواب نازوفارنکس، سواب اوروفارنکس یا نمونه خلط. این نمونه ها معمولاً با استفاده از سواب های استریل جمع آوری می شوند.
•  استخراج RNA: نمونه تنفسی جمع آوری شده حاوی ماده ژنتیکی ویروسی است که به شکل RNA است. مرحله بعدی استخراج RNA ویروس از نمونه است. این مرحله برای جداسازی و خالص سازی ماده ژنتیکی ویروسی از سایر اجزای موجود در نمونه ضروری است.
•  رونویسی معکوس: SARS-CoV2 یک ویروس RNA است، اما تعیین توالی به DNA به عنوان یک الگوی اولیه نیاز دارد. بنابراین، قبل از اینکه فرآیند توالی یابی انجام شود، RNA ویروسی استخراج شده از طریق فرآیندی به نام رونویسی معکوس به DNA مکمل (cDNA) تبدیل می شود. این با استفاده از آنزیمی به نام ترانس کریپتاز معکوس به دست می آید.
•  تقویت PCR: هنگامی که cDNA ویروسی به دست آمد، قبل از تعیین توالی باید تقویت شود. واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) برای تقویت مناطق خاصی از ژنوم ویروسی استفاده می شود. چندین پرایمر PCR که نواحی مختلف ژنوم ویروس را هدف قرار می دهند برای تولید قطعات همپوشانی استفاده می شود.
•  آماده سازی کتابخانه: قطعات DNA تکثیر شده خالص شده و سپس در معرض آماده سازی کتابخانه قرار می گیرند. آماده سازی کتابخانه شامل افزودن آداپتورها یا بارکدهای خاص به هر قطعه DNA است. این آداپتورها پلت فرم توالی یابی را قادر می سازند تا قطعات DNA را شناسایی کرده و موقعیت آنها را در ژنوم در طول فرآیند توالی یابی تعیین کند.
•  توالی یابی: کتابخانه های آماده شده سپس بر روی یک توالی سنجی DNA با توان عملیاتی بالا بارگذاری می شوند. فناوری‌های توالی‌یابی نسل بعدی، مانند توالی‌یابی Illumina، معمولاً برای SARS-CoV2 WGS استفاده می‌شوند. این توالی سنجی ها می توانند میلیون ها قطعه DNA را به طور همزمان بخوانند.
• تجزیه و تحلیل داده ها: ترتیب‌دهنده مقادیر زیادی از داده‌های توالی‌یابی خام تولید می‌کند که نیاز به پردازش و تجزیه و تحلیل دارند. متخصصان بیوانفورماتیک از نرم‌افزارها و الگوریتم‌های تخصصی برای جمع‌آوری داده‌های کوتاه DNA در یک توالی ژنوم کامل استفاده می‌کنند.
• مونتاژ ژنوم: فرآیند مونتاژ شامل تراز کردن و همپوشانی قطعات توالی شده برای بازسازی توالی ژنوم کامل ویروس است. این فرآیند به دلیل تغییرات ژنتیکی و خطاهای احتمالی توالی یابی می تواند چالش برانگیز باشد، اما روش های محاسباتی مختلفی برای رفع این چالش ها استفاده می شود.
• تحلیل متغیر: پس از مونتاژ ژنوم، توالی با ژنوم مرجع مقایسه می شود تا تغییرات یا جهش های ژنتیکی شناسایی شود. انواع می توانند شامل پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی (SNPs)، درج ها، حذف ها و تغییرات ساختاری بزرگتر باشند.
• خصوصیات ژنومی: سپس توالی ژنوم تجزیه و تحلیل شده با پایگاه های داده و سایر توالی های در دسترس عموم مقایسه می شود تا ارتباط آن با گونه ها یا سویه های شناخته شده مشخص شود. این اطلاعات به ردیابی گسترش و تکامل ویروس در طول زمان کمک می کند.

توالی یابی کل ژنوم یک ابزار جامع و ضروری برای درک تنوع ژنتیکی و تکامل SARS-CoV2 است. این اطلاعات حیاتی را در اختیار محققان، مقامات بهداشت عمومی و سیاست گذاران در تلاش برای مبارزه موثر با همه گیری کووید-19 قرار می دهد.

چه چیزی در آزمایش ویروس SARS-CoV2 مورد بررسی قرار می گیرد؟

تاریخچه ای کوتاه در مورد ویروس SARS-CoV2:

2019

• در ماه دسامبر مواردی از یک بیماری تنفسی جدید در ووهان چین ظاهر شد. این ویروس به عنوان یک کروناویروس جدید شناخته شده و SARS-CoV2 نام گرفت.
• بسیاری از موارد اولیه به بازار غذاهای دریایی و حیوانات زنده در شهر مرتبط بودند که نشان دهنده منشاء مشترک انسان و دام است.
• این ویروس در ابتدا کروناویروس جدید 2019 (2019-nCoV) نام گرفت.

2020

• ویروس SARS-CoV2 در سراسر جهان گسترش یافت، با شیوع عمده در چین، ایتالیا، ایران، اسپانیا، ایالات متحده و جاهای دیگر. WHO در ماه مارس یک بیماری همه گیر را اعلام کرد.
• قرنطینه ها، محدودیت های سفر، دستورات ماسک گذاری برای کاهش سرعت گسترش اجرا شد. اما تعداد مرگ و میرها تا سپتامبر از یک میلیون نفر گذشت.
• توسعه واکسن با سرعت بی سابقه ای پیش رفت. FDA اولین واکسن ها را از Pfizer/BioNTech و Moderna در ماه دسامبر مجاز کرد.
• همانطور که ویروس SARS-CoV2 در گردش بود، دچار جهش شد که منجر به ظهور انواع جدیدی شد. برخی از انواع، مانند انواع آلفا (B.1.1.7)، بتا (B.1.351)، گاما (P.1) و دلتا (B.1.617.2)، به دلیل افزایش قابلیت انتقال یا اثرات بالقوه نگرانی هایی را در مورد اثربخشی واکسن ایجاد کردند.

2021

• کمپین های جهانی واکسیناسیون شروع شد اما در بسیاری از کشورها کند پیش می رفت. انواعی مانند آلفا و دلتا باعث ایجاد امواج جدید می شدند.
• در ماه نوامبر، نوع Omicron ظاهر شد و به سرعت گسترش یافت و از ایمنی بدن فرار می کرد. اما واکسن ها از بیماری شدید جلوگیری می کردند.

2022

• بسیاری از کشورها به درمان COVID-19 به عنوان یک ویروس بومی روی آورده و محدودیت ها را برداشتند. اما امواج گونه های فرعی جدید ادامه می یافتند.
• تقویت کننده های دو ظرفیتی به روز شده برای هدف قرار دادن زیرمجموعه های Omicron به افزایش ایمنی کمک می کردند.
• مرگ و میر جهانی در مارس 2022 از 6 میلیون فراتر رفت. اما مرگ و میر در بسیاری از کشورهای واکسینه شده کاهش یافت.

2023

• در ماه مه 2023، WHO با اشاره به نرخ بالای واکسیناسیون، بهبود درمان ها و شدت بسیار کمتر بیماری در سطح جهانی، پایان همه گیری COVID-19 را اعلام کرد.
• SARS-CoV2 به عنوان یک ویروس بومی به گردش خود ادامه می دهد، اما با واکسن ها و داروهای درمانی بهتر کنترل می شود.

طبقه بندی ویروس SARS-CoV2:

SARS-CoV2 ویروسی است که متعلق به خانواده Coronaviridae، جنس Betacoronavirus است. در زیر تقسیم بندی طبقه بندی آن آمده است:

• دامنه: Riboviria
• قلمرو: Nidovirales
• راسته: Cornidovirineae
• خانواده: Coronaviridae
• زیرخانواده: Orthocoronavirinae
• جنس: Betacoronavirus
• زیرجنس: Sarbecovirus
• گونه: ویروس کرونا 2 مرتبط با سندرم تنفسی حاد شدید (SARS-CoV2)

نکات کلیدی در مورد طبقه بندی SARS-CoV2:

• این یک ویروس RNA پوشش دار، با حس مثبت و تک رشته ای است.
• ویروس SARS-CoV2 در خانواده Coronaviridae، در زیرخانواده Orthocoronavirinae طبقه بندی می شود که شامل کروناویروس هایی است که پستانداران را آلوده می کند.
• SARS-CoV2 یک بتا کرونا ویروس است، به این معنی که در زیر میکروسکوپ الکترونی به دلیل گلیکوپروتئین های سنبله ای روی پوشش آن ظاهری شبیه تاج دارد.
• زیرجنس Sarbecovirus شامل SARS-CoV2 و ویروس SARS-CoV1 مرتبط است که باعث اپیدمی SARS در سال های 2002 تا 2004 شد.
• SARS-CoV2 معیارهای یک گونه جدید بودن را بر اساس تفاوت‌های ژنتیکی با سایر کروناویروس‌ها برآورده می‌کند. نام گونه ویروس کرونا 2 مربوط به سندرم تنفسی حاد شدید است.

درک این نکته ضروری است که طبقه بندی ویروس پویا است و با انجام تحقیقات و اکتشافات جدید در معرض تغییر است. سیستم طبقه بندی بر اساس ساختار ژنتیکی، ساختار و ویژگی های ویروس است و به دانشمندان و مقامات بهداشتی کمک می کند تا رفتار ویروس و پیامدهای بالقوه آن برای سلامت عمومی را درک کنند.

ساختار ویروس SARS-CoV2:

SARS-CoV2 یک ویروس RNA محصور شده، تک رشته ای و با حس مثبت است که متعلق به خانواده Coronaviridae است. در زیر در مورد ساختار، ژنوم و پروتئین های کلیدی آن توضیح داده شده است:

ساختار:

• انولوپ (Envelope): SARS-CoV2 دارای پوششی است که ذرات ویروسی خود را احاطه کرده است که از غشای سلول میزبان در طول فرآیند جوانه زدن مشتق شده است.
• پروتئین‌های سنبله (Spike Proteins): پوشش ویروس با پروتئین‌های سنبله (پروتئین‌های S) پوشانده شده است، که به ویروس ظاهر تاج‌مانند متمایز خود را می‌دهد و از این رو «کرونا ویروس» نامیده می‌شود.
• پروتئین های غشایی (Membrane Proteins): این پروتئین ها (پروتئین های M) در زیر پوشش ویروسی قرار دارند و به شکل گیری ذرات ویروس کمک می کنند.
• پروتئین های پوششی (Envelope Proteins): پروتئین های پوششی (پروتئین های E) نیز در زیر پوشش ویروسی قرار دارند و در تجمع و انتشار ویروس نقش دارند.
• نوکلئوکپسید (Nucleocapsid): در داخل پاکت، یک نوکلئوکپسید وجود دارد که یک کمپلکس پروتئین-RNA است که ژنوم ویروس را در بر می گیرد.

 ژنوم:

• SARS-CoV2 دارای ژنوم RNA تک رشته ای با حس مثبت است. RNA با حس مثبت به این معنی است که RNA ویروسی می تواند مستقیماً به عنوان RNA پیام رسان (mRNA) برای ماشین سنتز پروتئین سلول میزبان عمل کند.
• ژنوم SARS-CoV2 تقریباً 30000 نوکلئوتید طول دارد که آن را به یکی از بزرگترین ویروس های RNA شناخته شده تبدیل می کند.
• ژنوم SARS-CoV2 حاوی چندین فریم خواندن باز (ORF) است که پروتئین های ویروسی مختلف را کد می کند.

پروتئین های کلیدی:

• پروتئین اسپایک (پروتئین S): پروتئین اسپایک SARS-CoV2 برای ورود ویروس به سلول های میزبان حیاتی است. به گیرنده ACE2 در سطح سلول های انسانی متصل می شود و اتصال ویروسی و همجوشی با غشای سلول میزبان را تسهیل می کند.
• پروتئین پوششی (پروتئین E): پروتئین پوششی در جمع آوری و آزادسازی ویروس از سلول های آلوده نقش دارد.
• پروتئین غشایی (پروتئین M): پروتئین غشایی به شکل دادن ذرات ویروسی کمک می کند و در تجمع ویروس نقش دارد.
• پروتئین نوکلئوکپسید (پروتئین N): پروتئین نوکلئوکپسید به RNA ویروسی متصل می شود و نوکلئوکپسید را تشکیل می دهد و از ژنوم RNA محافظت می کند.
• RNA پلیمراز وابسته به RNA (RdRp): این آنزیم برای تکثیر ویروسی و رونویسی ژنوم RNA ویروسی در طول چرخه زندگی ویروس ضروری است.

این پروتئین‌ها، به‌ویژه پروتئین اسپایک (S)، هدف بسیاری از تلاش‌های تحقیقاتی و استراتژی‌های توسعه واکسن برای مبارزه با SARS-CoV2 و پیشگیری از COVID-19 بوده‌اند. با درک ساختار و عملکرد این پروتئین ها، دانشمندان توانسته اند واکسن ها و مداخلات درمانی موثری را طراحی کنند. توجه به این نکته مهم است که تحقیقات در حال انجام ممکن است بینش بیشتری در مورد بیولوژی ویروس و اهداف دارویی جدید بالقوه ارائه دهد.

تکثیر و رونویسی ویروس SARS-CoV2:

همانندسازی و رونویسی SARS-CoV2، مانند سایر کروناویروس‌ها، در سیتوپلاسم سلول میزبان رخ می‌دهد. در اینجا یک مرور مختصر از روند انجام شده است:

اتصال و ورود:

• پروتئین سنبله (S) روی سطح SARS-CoV2 به گیرنده آنزیم مبدل آنژیوتانسین 2 (ACE2) در غشای سلول میزبان متصل می شود. این اتصال ورود ویروس به سلول را تسهیل می کند.
• ACE2 یک پروتئین متصل به غشاء است که بر روی سطح برخی از سلول های انسانی، به ویژه در دستگاه تنفسی و ریه ها بیان می شود. اتصال پروتئین اسپایک SARS-CoV2 به گیرنده ACE2 گامی مهم برای ورود ویروس به سلول های میزبان است.
• بیان گیرنده های ACE2 در بافت های مختلف ممکن است تظاهرات بالینی مختلف COVID-19 را فراتر از علائم تنفسی توضیح دهد.

اندوسیتوز:

• پس از اتصال، SARS-CoV2 از طریق اندوسیتوز توسط سلول میزبان بلعیده شده و یک اندوزوم تشکیل می دهد.

همجوشی و آزادسازی ژنوم:

• محیط اسیدی آندوزوم باعث همجوشی بین پوشش ویروسی و غشای اندوزوم می شود.
• این همجوشی اجازه آزاد شدن ژنوم ویروسی (RNA تک رشته ای با حس مثبت) و نوکلئوکپسید را در سیتوپلاسم سلول میزبان می دهد.

ترجمه و همانند سازی:

• زمانی که ژنوم ویروس وارد سلول میزبان می شود، به عنوان mRNA عمل می کند و سنتز دو پلی پروتئین را هدایت می کند: pp1a و pp1ab.
• این پلی پروتئین ها توسط پروتئازهای ویروسی به صورت پروتئولیتی تبدیل به پروتئین های غیر ساختاری منفرد (nsps)، از جمله RNA پلیمراز وابسته به RNA (nsp12)، هلیکاز (nsp13) و سایر پروتئین‌های دخیل در تکثیر ویروس و فرار از پاسخ‌های ایمنی میزبان می شوند.

تشکیل مجتمع تکرار-رونویسی (RTC):

• پروتئین های غیر ساختاری یک کمپلکس همانندسازی- رونویسی (RTC) را تشکیل می دهند که شامل RdRp و سایر پروتئین های ضروری برای همانندسازی و رونویسی RNA ویروسی است.

 سنتز RNA:

• RdRp از ژنوم RNA ویروسی با حس مثبت به عنوان الگویی برای سنتز رشته های RNA با حس منفی مکمل استفاده می کند. این رشته های RNA حس منفی به عنوان الگوهایی برای سنتز RNA حس مثبت عمل می کنند.
• RTC رشته های جدید RNA با حس مثبت را با استفاده از RNA حس منفی به عنوان الگو سنتز می کند. این رشته های جدید RNA با حس مثبت هم به عنوان ژنوم برای ویریون های جدید و هم به عنوان mRNA برای ترجمه پروتئین های ساختاری و کمکی ویروسی عمل می کنند.

 ترجمه پروتئین های ساختاری و جانبی:

RNA با حس مثبت تازه سنتز شده، ترجمه پروتئین های ساختاری (سنبله، پوشش، غشاء و نوکلئوکپسید) و پروتئین های جانبی را هدایت می کند.

مونتاژ و انتشار:

• RNA ژنومی ویروسی جدید، همراه با پروتئین های ساختاری و کمکی، به ذرات ویروس جدید در سلول میزبان جمع می شود.
• ویریون‌های بالغ از غشای سلول میزبان جوانه می‌زنند و با خروج از سلول، پوششی را به دست می‌آورند که با پروتئین‌های سنبله‌ای پوشانده شده، آماده آلوده کردن سلول‌های میزبان جدید و ادامه چرخه هستند.

توضیحات کامل پروتئین های کلیدی:

• پروتئین اسپایک (پروتئین S): همانطور که قبلا ذکر شد، پروتئین اسپایک با اتصال به گیرنده ACE2 واسطه اتصال ویروسی و ورود به سلول های میزبان می شود.
•  پروتئین پوششی (پروتئین E): پروتئین پوششی در جمع آوری و آزادسازی ویروس از سلول های آلوده نقش دارد.
•  پروتئین غشایی (پروتئین M): پروتئین غشایی در شکل دادن به ذرات ویروسی و تسهیل تجمع ویروس نقش دارد.
•  پروتئین نوکلئوکپسید (پروتئین N): پروتئین نوکلئوکپسید به RNA ویروسی متصل می شود و نوکلئوکپسید را تشکیل می دهد و از ژنوم RNA محافظت می کند.
• RNA پلیمراز وابسته به RNA (RdRp): این آنزیم برای تکثیر ویروسی و رونویسی ژنوم RNA ویروسی در طول چرخه زندگی ویروس ضروری است.
• پروتئین های جانبی: SARS-CoV2 چندین پروتئین کمکی را رمزگذاری می کند که نقش های مختلفی در چرخه تکثیر ویروس و تعامل با سلول میزبان دارند. برخی از این پروتئین های جانبی عبارتند از ORF3a، ORF6، ORF7a، ORF7b، ORF8 و ORF9b.

موتاسیون ها و موتانت های ویروس SARS-CoV2:

جهش ها تغییرات طبیعی هستند که در ژنوم ویروس در طول زمان رخ می دهند، و آنها یک ویژگی مشترک ویروس های RNA هستند. مانند ویروس کرونا برخی از این جهش‌ها منجر به پیدایش انواع مختلف SARS-CoV2 شده‌اند که برخی از آنها به دلیل تغییرات بالقوه در قابلیت انتقال، بیماری‌زایی یا فرار ایمنی، نگرانی‌هایی را ایجاد کرده‌اند.

در اینجا توضیحی درباره برخی از جهش‌یافته‌های SARS-CoV2 و جهش‌های موجود در آنها آورده شده است:

نوع آلفا (B.1.1.7):

• جهش N501Y در پروتئین اسپایک – اتصال به گیرنده ACE2 را افزایش می دهد
• حذف 69/70 در پروتئین سنبله – به فرار سیستم ایمنی کمک می کند
• جهش P681H در پروتئین سنبله – باعث افزایش عفونت می شود
• جهش D614G در پروتئین سنبله – باعث افزایش عفونت و انتقال می شود

نوع بتا (B.1.351):

• جهش های K417N، E484K و N501Y در پروتئین اسپایک – به فرار سیستم ایمنی کمک می کند.
• جهش D614G در پروتئین اسپایک

نوع گاما (P.1):

• جهش K417T، E484K، و N501Y در پروتئین اسپایک – فرار ایمنی
• جهش D614G در پروتئین اسپایک

نوع دلتا (B.1.617.2):

• جهش های L452R و T478K در پروتئین اسپایک – قابلیت انتقال را افزایش می دهد
• جهش P681R در پروتئین اسپایک – فرار ایمنی
• جهش D614G در پروتئین اسپایک

نوع Omicron (B.1.1.529):

• جهش های K417N، N440K، G446S، E484A، Q493K، G496S، Q498R، N501Y، Y505H در پروتئین اسپایک – فرار ایمنی
• جهش P681H در پروتئین اسپایک
• جهش D614G در پروتئین اسپایک

به طور خلاصه، جهش در دامنه اتصال گیرنده پروتئین اسپایک مانند N501Y و E484K به ویروس کمک می کند تا از آنتی بادی های خنثی کننده فرار کند. سایر جهش‌های سنبله میل پیوندی به گیرنده‌های ACE2 انسانی را افزایش می‌دهند و عفونت‌پذیری ویروسی و قابلیت انتقال را افزایش می‌دهند. این گونه ها همچنین حاوی جهش D614G هستند که باعث افزایش عفونت می شود.

پاتوژنز و بیماری های مرتبط با ویروس SARS-CoV2:

• SARS-CoV2 یک بتا-کرونا ویروس است که انسان را از طریق دستگاه تنفسی آلوده می کند و عمدتاً سلول های اپیتلیال را در حفره بینی و گلو از طریق گیرنده ACE2 هدف قرار می دهد.
• پس از عفونت اولیه، ویروس در سلول های اپیتلیال تنفسی فوقانی تکثیر می شود و به راه های هوایی تنفسی تحتانی گسترش می یابد. این منجر به اثرات سیتوپاتیک مستقیم ویروسی و آسیب ناشی از سیستم ایمنی می شود.
• عفونت باعث آزاد شدن کموکاین می شود که منجر به جذب لکوسیت های التهابی می شود. یک پاسخ التهابی بیش فعال منجر به افزایش سیتوکین هایی مانند IL-6، IL-1β و TNF-α می شود که منجر به طوفان سیتوکین می شود.
• اثرات سیستمیک شامل التهاب، هیپوکسی و اختلال عملکرد اندوتلیال است.
• اختلال عملکرد اندوتلیال و ترومبوز: SARS-CoV-2 همچنین می تواند مستقیماً سلول های اندوتلیال را که رگ های خونی را پوشانده اند آلوده کند، منجر به اختلال عملکرد اندوتلیال و افزایش خطر تشکیل لخته خون (ترومبوز) می شود که می تواند منجر به عوارضی مانند آمبولی ریوی، سکته مغزی و سایر مشکلات عروقی

بیماری ها:

COVID-19 بیماری ناشی از عفونت SARS-CoV-2 است. ممکن است از خفیف تا شدید یا بحرانی متغیر باشد و برخی افراد بدون علامت باشند. موارد شدید در افراد مسن و افراد مبتلا به بیماری‌های زمینه‌ای مانند دیابت، بیماری قلبی، شرایط تنفسی و وضعیت‌های نقص ایمنی بیشتر است.

سندرم زجر تنفسی حاد (ARDS): موارد شدید COVID-19 می تواند به ARDS تبدیل شود، یک وضعیت تهدید کننده زندگی که با التهاب شدید ریه و تجمع مایع در آلوئول ها مشخص می شود و منجر به نارسایی تنفسی می شود.

سندرم التهابی چند سیستمی در کودکان (MIS-C) – یک وضعیت فوق التهابی نادر پس از عفونی که چند هفته پس از عفونت SARS-CoV2 بر کودکان تأثیر می گذارد. با تب، درد شکم، استفراغ، بثورات پوستی، ورم ملتحمه و شوک ظاهر می شود.

علائم رایج COVID-19:

• علائم تنفسی: سرفه، تنگی نفس، مشکل در تنفس و گلودرد.
• تب: دمای بدن بالا، اغلب بالای 38 درجه سانتیگراد.
• خستگی: احساس خستگی و ضعف شدید.
• دردهای عضلانی و بدن: درد عضلانی و ناراحتی بدن.
• از دست دادن بویایی و چشایی: آنوسمی (از دست دادن بویایی) و پیری (از دست دادن چشایی).
• سردرد: سردردهای مداوم و گاهی شدید.
• علائم گوارشی: تهوع، استفراغ و اسهال.
• دیسترس تنفسی: موارد شدید ممکن است دچار دیسترس تنفسی شوند و نیاز به حمایت اکسیژن یا تهویه مکانیکی داشته باشند.
• موارد بحرانی – ARDS، شوک سپتیک، اسیدوز متابولیک، اختلالات خونریزی، ترومبوآمبولی، نارسایی ارگان های چند سیستمی.

توجه به این نکته مهم است که برخی از افراد، به ویژه کودکان خردسال و آنهایی که موارد خفیف دارند، ممکن است علائم خفیفی را تجربه کنند یا ناقلان بدون علامت باشند. با این حال، آنها هنوز هم می توانند ویروس را به دیگران از جمله جمعیت های آسیب پذیر منتقل کنند.

راه های انتقال، پیشگیری و درمان بیماری های مرتبط با ویروس SARS-CoV2:

انتقال SARS-CoV2:

راه اصلی انتقال SARS-CoV2 از طریق قطرات تنفسی زمانی است که فرد مبتلا سرفه، عطسه، صحبت یا نفس می‌کشد. این قطرات می تواند توسط افراد نزدیک استنشاق شود که منجر به عفونت می شود. علاوه بر این، ویروس می تواند از طریق لمس سطوح یا اشیاء آلوده به ویروس و سپس لمس صورت، به ویژه دهان، بینی یا چشم ها پخش شود. همچنین ممکن است ویروس از طریق ذرات معلق در هوا در محیط های داخلی خاص با تهویه ضعیف پخش شود.

پیشگیری از SARS-CoV2:

• واکسیناسیون: واکسن‌های COVID-19 برای استفاده اضطراری برای جلوگیری از عفونت SARS-CoV2 ساخته و تایید شده‌اند. واکسیناسیون یکی از مؤثرترین راه‌ها برای محافظت از افراد و جوامع در برابر بیماری‌های شدید و کاهش انتقال است.
• بهداشت فردی: شستن مکرر دست ها با آب و صابون به مدت حداقل 20 ثانیه یا استفاده از ضدعفونی کننده دست با حداقل 60 درصد الکل می تواند به جلوگیری از انتشار ویروس از سطوح آلوده به صورت کمک کند.
•  ماسک صورت: استفاده از ماسک، به ویژه در محیط های شلوغ داخل خانه یا زمانی که فاصله گذاری اجتماعی امکان پذیر نیست، می تواند به طور قابل توجهی انتقال قطرات تنفسی را که ممکن است حاوی ویروس باشد، کاهش دهد.
•  فاصله گذاری اجتماعی: حفظ فاصله ایمن (حداقل 1 متر) از دیگران، به ویژه در مکان های شلوغ یا در هنگام تعاملات نزدیک، می تواند خطر انتقال را کاهش دهد.
• تهویه: اطمینان از تهویه مناسب در فضاهای داخلی می تواند به پراکندگی ذرات حاوی ویروس و کاهش خطر عفونت کمک کند.
• اجتناب از تجمعات بزرگ: اجتناب از رویدادها یا اجتماعات شلوغ می تواند به حداقل رساندن خطر مواجهه با ویروس کمک کند.

انواع واکسن برای مقابله با SARS-CoV2

درمان بیماری های مرتبط با SARS-CoV2:

• داروهای ضد ویروسی: چندین داروی ضد ویروسی، مانند رمدسیویر، برای استفاده اضطراری در درمان COVID-19 تأیید شده است. هدف این داروها مهار تکثیر ویروس و کاهش شدت بیماری است.
• آنتی بادی های مونوکلونال: آنتی بادی های مونوکلونال (casirivimab/imdevimab، sotrovimab) آنتی بادی های مصنوعی هستند که می توانند به خنثی کردن ویروس و کاهش شدت بیماری در افراد در معرض خطر کمک کنند.
• کورتیکواستروئیدها: برای موارد شدید، نشان داده شده است که کورتیکواستروئیدها مانند دگزامتازون التهاب را کاهش داده و نتایج بالینی را بهبود می بخشد.
• داروهای ضد انعقاد برای ترومبوآمبولی
• اکسیژن درمانی: برای بیماران مبتلا به دیسترس تنفسی شدید یا سندرم دیسترس تنفسی حاد (ARDS)، ممکن است اکسیژن تکمیلی یا تهویه مکانیکی برای حمایت از تنفس ضروری باشد.
• مراقبت های حمایتی: ارائه مراقبت های حمایتی مانند هیدراتاسیون، تسکین درد و مدیریت سایر علائم می تواند در کمک به بهبود بیماران از COVID-19 ضروری باشد.

توجه به این نکته مهم است که پیشگیری همچنان موثرترین رویکرد برای مبارزه با شیوع SARS-CoV2 است. واکسیناسیون، همراه با اقدامات بهداشت عمومی مانند پوشیدن ماسک، فاصله گذاری اجتماعی، و بهداشت خوب دست، می تواند به طور قابل توجهی خطر ابتلا به عفونت را کاهش دهد و از جمعیت های آسیب پذیر محافظت کند.

سوالات متداول

دوره نهفتگی SARS-CoV2 چند روز است؟

دوره نهفتگی SARS-CoV2 که به زمان قرار گرفتن در معرض ویروس تا شروع علائم اشاره دارد، معمولاً حدود 2 تا 14 روز است. با این حال، اکثر افراد در عرض 4 تا 6 روز پس از قرار گرفتن در معرض این علائم دچار علائم می شوند. نظارت بر علائم در این دوره ضروری است، زیرا افراد آلوده حتی قبل از بروز علائم می توانند مسری باشند.

عوامل خطر برای COVID-19 شدید چیست؟

عوامل متعددی می توانند خطر ابتلا به بیماری شدید COVID-19 را افزایش دهند:

• سن بالا: افراد مسن، به ویژه افراد بالای 65 سال، در معرض خطر بیشتری برای پیامدها و عوارض شدید هستند.
• بیماری های زمینه ای: افرادی که از قبل شرایطی مانند بیماری قلبی، دیابت، چاقی، بیماری های مزمن ریوی و سرکوب سیستم ایمنی دارند، در برابر کووید-19 شدید آسیب پذیرتر هستند.
• وضعیت سیستم ایمنی ضعیف: افرادی که سیستم ایمنی ضعیفی دارند ممکن است توانایی کاهش موثری در مبارزه با ویروس داشته باشند.
• بارداری: زنان باردار در مقایسه با افراد غیر باردار در معرض خطر اندکی بیشتر پیامدهای شدید هستند.
• قومیت: مشخص شده است که قومیت های خاصی مانند سیاه پوستان، اسپانیایی ها و جمعیت های بومی در معرض خطر بیشتری برای ابتلا به کووید-19 شدید هستند.

SARS-CoV2 چه اثرات طولانی مدتی را در افراد بهبود یافته ایجاد می کند؟

برخی از افرادی که از COVID-19 بهبود یافته اند، اثرات طولانی مدتی را تجربه می کنند که معمولاً به عنوان “کووید طولانی” یا “عواقب پس از حاد عفونت SARS-CoV2” (PASC) شناخته می شود. اثرات طولانی مدت ممکن است شامل خستگی مداوم، تنگی نفس، درد قفسه سینه، درد مفاصل، مشکلات شناختی (“مه مغزی”) و طیفی از علائم دیگر باشد. تحقیقات برای درک مکانیسم های پشت این اثرات طولانی مدت و ارائه مراقبت های مناسب برای افراد آسیب دیده ادامه دارد.

پاسخ ایمنی در مقابله با SARS-CoV2 چگونه عمل می کند؟

پاسخ ایمنی در برابر SARS-CoV2 شامل ایمنی ذاتی و اکتسابی است. سیستم ایمنی ذاتی به سرعت به حضور ویروس پاسخ می دهد و باعث التهاب می شود و سلول های ایمنی را به محل عفونت جذب می کند. پاسخ ایمنی تطبیقی، به ویژه سلول‌های T و سلول‌های B، به شناسایی و خنثی کردن ویروس کمک می‌کند و محافظت طولانی‌مدتی را ارائه می‌کند.

واکسن‌های COVID-19 با معرفی اجزای ویروسی خاص (مانند پروتئین‌های سنبله) برای تولید آنتی‌بادی‌های محافظ و سلول‌های T حافظه، پاسخ ایمنی تطبیقی را تحریک می‌کنند و در مقابل عفونت‌های آینده ایمنی ایجاد می‌کنند.

آیا حیوانات می توانند به ویروس SARS-CoV2 آلوده شوند؟

بله، حیوانات می توانند به SARS-CoV-2 آلوده شوند. این ویروس در حیوانات مختلف از جمله حیوانات خانگی خانگی (گربه و سگ)، راسو در مزارع خز، حیوانات باغ وحش و برخی از حیوانات وحشی شناسایی شده است. انتقال از انسان به حیوان و بالعکس در موارد خاصی گزارش شده است. با این حال، روش اصلی انتقال از انسان به انسان است.

واکسن‌های mRNA چگونه علیه SARS-CoV2 کار می‌کنند؟

واکسن‌های mRNA با رساندن قطعه کوچکی از ماده ژنتیکی ویروسی (mRNA) که پروتئین اسپایک SARS-CoV2 را کد می‌کند به سلول‌های انسانی کار می‌کنند. هنگامی که mRNA وارد سلول ها می شود، به سلول ها دستور می دهد تا پروتئین اسپایک را تولید کنند. سیستم ایمنی پروتئین اسپایک را به عنوان خارجی تشخیص می دهد و یک پاسخ ایمنی ایجاد می کند و آنتی بادی ها و سلول های حافظه تولید می کند.

اگر فرد واکسینه شده بعداً با ویروس واقعی روبرو شود، سیستم ایمنی پروتئین اسپایک را تشخیص می‌دهد و به سرعت پاسخ می‌دهد و از عفونت جلوگیری می‌کند یا شدت کووید-19 را کاهش می‌دهد.

آیا SARS-CoV2 می‌تواند افرادی را که از COVID-19 بهبود یافته‌اند را مجدداً آلوده کند؟

عفونت مجدد با SARS-CoV2 گزارش شده است. اکثر افرادی که از کووید-19 بهبود یافته اند تا حدی در برابر ویروس مصونیت دارند. با این حال، مدت زمان و قدرت ایمنی می تواند در بین افراد متفاوت باشد. در حالی که مصونیت طبیعی از یک عفونت قبلی محافظت می کند، واکسیناسیون حتی برای افرادی که COVID-19 داشته اند توصیه می شود تا مصونیت در برابر ویروس را تقویت و طولانی تر کنند.

آنتی بادی های ضد SARS-CoV2 چه مدت پس از عفونت یا واکسیناسیون دوام می آورند؟

مدت زمان آنتی بادی های ضد SARS-CoV2 در افراد متفاوت است. پس از عفونت طبیعی، آنتی‌بادی‌ها علیه ویروس می‌توانند برای چندین ماه باقی بمانند، اما سطح آنها ممکن است در طول زمان کاهش یابد. واکسیناسیون همچنین می‌تواند پاسخ آنتی‌بادی قوی ایجاد کند، و شواهد فعلی نشان می‌دهد که واکسن‌های COVID-19 حداقل برای چندین ماه محافظت می‌کنند، با دوزهای تقویت‌کننده توصیه می‌شود تا محافظت در برابر انواع مختلف و ایمنی رو به کاهش بالقوه حفظ شود.

آیا SARS-CoV2 می تواند جهش بیشتری پیدا کند و خطرناک تر شود؟

مانند همه ویروس ها، SARS-CoV2 در طول زمان دچار جهش می شود. بیشتر جهش‌ها تأثیر کمی بر رفتار ویروس دارند، اما برخی ممکن است مزایایی مانند افزایش قابلیت انتقال یا توانایی فرار از ایمنی را به همراه داشته باشند. این گونه ها می توانند ظهور کنند و در جمعیت گسترش یابند. نظارت و تحقیق مستمر برای پایش انواع جدید و ارزیابی تأثیر بالقوه آنها بر شدت بیماری و اثربخشی واکسن ضروری است.

تفاوت های اصلی بین COVID-19 و آنفولانزا چیست؟

کووید-۱۹ و آنفولانزا  هر دو بیماری‌های تنفسی هستند که توسط ویروس‌های مختلف ایجاد می‌شوند. در حالی که آنها برخی علائم مشترک دارند (تب، سرفه، بدن درد)، تفاوت های مهمی نیز وجود دارد:

• کووید-19 علائم تنفسی شدیدتری از جمله تنگی نفس ایجاد می کند، در حالی که آنفولانزا می تواند منجر به علائم ناگهانی و شدیدتر مانند تب بالا و لرز بدن شود.
  کووید-19 خطر پیامدهای شدید در افراد مسن و آنهایی که بیماری زمینه ای دارند بیشتر است، در حالی که آنفولانزا می تواند افراد در هر سنی را تحت تاثیر قرار دهد.
  کووید-19 نسبت به آنفولانزا دوره نهفتگی طولانی تری دارد و نرخ انتقال بالاتری دارد.

کودکان چه نقشی در انتقال SARS-CoV2 دارند؟

کودکان ممکن است به SARS-CoV2 آلوده شوند و ممکن است موارد خفیف یا بدون علامت را تجربه کنند. در حالی که آنها می توانند ویروس را به دیگران منتقل کنند، شواهد نشان می دهد که کودکان خردسال کمتر به اندازه بزرگسالان ویروس را به طور موثر پخش می کنند. با این حال، کودکان بزرگتر و نوجوانان ممکن است ویروس را به طور موثرتری منتقل کنند. مدارس و مراکز نگهداری از کودکان می توانند منابع بالقوه انتقال باشند، بنابراین اجرای اقدامات پیشگیرانه مناسب ضروری است.

آیا SARS-CoV2 از طریق انتقال خون یا پیوند اعضا قابل انتقال است؟

هنوز هیچ مورد تایید شده ای از انتقال SARS-CoV2 از طریق اهدای خون یا عضو وجود ندارد. با این حال، با توجه به اینکه ویرمی می تواند با COVID-19 رخ دهد، از نظر تئوری امکان پذیر است.

چرا COVID-19 در برخی موارد با از دست دادن چشایی و بویایی همراه است؟

ویروس SARS-CoV2 به محض ورود به حفره بینی، می تواند در نورون های حس بویایی مسئول حس بویایی و سلول های چشایی (سلول های گیرنده چشایی) مسئول حس چشایی ایجاد عفونت کرده و تکثیر شود. این ویروس همچنین می تواند سلول های پشتیبان و سلول های بنیادی را در این اندام های حسی آلوده کند.

با تکثیر ویروس در این سلول های تخصصی، می تواند منجر به آسیب سلولی و مرگ شود. این آسیب عملکرد طبیعی این سلول های حسی را مختل می کند و در نتیجه بویایی و چشایی به طور موقت یا طولانی مدت از بین می رود.  عفونت و آسیب ناشی از ویروس باعث پاسخ ایمنی می شود که منجر به التهاب در ناحیه بینی و بویایی می شود. پاسخ های التهابی می تواند بیشتر به از دست دادن بویایی و چشایی کمک کند.

مصونیت گله ای در اپیدمیولوژی به چه معنا است؟

مصونیت گله ای که به عنوان مصونیت جمعیتی نیز شناخته می شود، زمانی اتفاق می افتد که بخش بزرگی از جمعیت نسبت به یک بیماری عفونی خاص، چه از طریق واکسیناسیون یا عفونت قبلی، مصون شوند. زمانی که افراد کافی مصون باشند، ویروس فرصت‌های محدودی برای انتشار دارد و از افرادی که مصون نیستند، از جمله افراد آسیب‌پذیری که نمی‌توانند واکسینه شوند، محافظت می‌کند. دستیابی به ایمنی گله یک استراتژی کلیدی در کنترل شیوع بیماری های عفونی است.

نقش ویتامین D در ارتباط با SARS-CoV2 چیست؟

ویتامین D یک ماده مغذی است که نقش مهمی در حمایت از سیستم ایمنی و سلامت استخوان دارد. برخی مطالعات ارتباط بالقوه ای را بین کمبود ویتامین D و شدت COVID-19 نشان داده اند، زیرا سطوح پایین ویتامین D ممکن است پاسخ های ایمنی را مختل کند. با این حال، تحقیقات بیشتری برای ایجاد یک رابطه قطعی مورد نیاز است و ویتامین D نباید به عنوان جایگزینی برای اقدامات پیشگیرانه مانند واکسیناسیون و دستورالعمل های بهداشت عمومی دیده شود.

آیا زنان باردار می توانند SARS-CoV2 را به فرزند متولد نشده خود منتقل کنند؟

بله، شواهدی وجود دارد که نشان می‌دهد زنان باردار آلوده به SARS-CoV2 می‌توانند ویروس را در دوران بارداری به جنین خود منتقل کنند. این نوع انتقال به عنوان انتقال عمودی شناخته می شود.

• انتقال از طریق جفت: در برخی موارد، ویروس می تواند از جفت عبور کند و جنین را مستقیماً از طریق جریان خون آلوده کند. این می تواند منجر به انتقال داخل رحمی SARS-CoV2 شود.
•  انتقال پری ناتال: انتقال پری ناتال به انتقال ویروس از مادر به نوزاد در حین زایمان یا پس از آن اطلاق می شود. این می تواند از طریق قرار گرفتن در معرض ترشحات یا مایعات تنفسی در هنگام تولد اتفاق بیفتد.

انتقال عمودی SARS-CoV2 نسبتاً نادر است، اما در برخی موارد مستند شده است. مطالعات وجود ویروس را در مایع آمنیوتیک، جفت و خون بند ناف زنان باردار آلوده نشان داده است که نشان دهنده احتمال انتقال عمودی است.

توجه به این نکته مهم است که در حالی که انتقال عمودی امکان پذیر است، به نظر می رسد خطر آن کم باشد. اکثر زنان باردار مبتلا به کووید-19 نوزادان سالم و بدون این ویروس به دنیا می آورند. با این حال، گزارش‌هایی مبنی بر مثبت شدن تست SARS-CoV2 برخی از نوزادان در مدت کوتاهی پس از تولد وجود دارد.

در سایت  World Health Organization (WHO) در مورد ویروس SARS-CoV2 بیشتر بخوانید:

بیماری کرونا (COVID-19) یک بیماری عفونی است که توسط ویروس SARS-CoV2 ایجاد می شود.

اکثر افراد آلوده به ویروس، بیماری تنفسی خفیف تا متوسط را تجربه می کنند و بدون نیاز به درمان خاصی بهبود می یابند. با این حال، برخی به شدت بیمار می شوند و نیاز به مراقبت های پزشکی دارند. افراد مسن و کسانی که دارای بیماری های زمینه ای مانند بیماری قلبی عروقی، دیابت، بیماری مزمن تنفسی یا سرطان هستند، بیشتر در معرض ابتلا به بیماری های جدی هستند. هر کسی ممکن است به کووید-19 مبتلا شود و به شدت بیمار شود یا در هر سنی بمیرد.

بهترین راه برای پیشگیری و کاهش سرعت انتقال این است که به خوبی از بیماری و نحوه انتشار ویروس آگاه باشید. با فاصله گرفتن حداقل یک متر از دیگران، پوشیدن ماسک مناسب و شستن مکرر دست ها یا استفاده از مالش های حاوی الکل، از خود و دیگران در برابر عفونت محافظت کنید.

این ویروس می تواند از دهان یا بینی فرد آلوده به صورت ذرات مایع کوچک در هنگام سرفه، عطسه، صحبت کردن، آواز خواندن یا نفس کشیدن پخش شود. این ذرات از قطرات تنفسی بزرگتر تا آئروسل های کوچکتر متغیر هستند. رعایت آداب تنفسی، به عنوان مثال با سرفه کردن در ناحیه آرنج خمیده، مهم است و در صورت احساس ناخوشی تا زمان بهبودی در خانه بمانید و خود را ایزوله کنید.

مطالب مرتبط در متااورگانون:

• آزمایش ویروس سنسیشیال تنفسی (RSV)
• تست عملکرد ریوی (PFT)
• آزمایش های پنومونی (ذات الریه)
• آزمایش کشت خلط
• آزمایش پانل پاتوژن های تنفسی
• آزمایش ویروس آنفولانزا
• بخش ویروس شناسی
• پانل عفونی